在司法实践中，关于刑事案件的处理流程，常常会涉及到多个部门和环节。其中，对于公诉科作出不起诉决定的案件，是否需要检察长签字确认，是一个值得探讨的问题。

根据我国《人民检察院刑事诉讼规则》的相关规定，人民检察院在审查起诉过程中，对于符合法定条件的案件，可以作出不起诉决定。这种不起诉决定通常由公诉部门（即公诉科）提出，并经过内部审批程序后作出。然而，在具体操作中，是否所有不起诉决定都需要检察长亲自签字，这取决于案件的具体情况以及检察院内部的规章制度。

一般来说，对于重大、复杂或者社会影响较大的案件，为了确保决策的权威性和合法性，往往需要检察长最终审核并签字确认。这是因为这些案件可能涉及更广泛的法律和社会问题，检察长作为检察机关的主要负责人，有责任对最终的决定负责。而对于一些较为简单的案件，可能会授权给副检察长或者其他主管领导进行签批，以提高工作效率。

此外，不同地区的检察院可能会有不同的操作细则。有些地方可能会明确规定，所有不起诉决定都需经检察长签字；而另一些地方则可能允许在一定范围内简化流程。因此，具体情况还需要结合当地检察院的实际做法来判断。

需要注意的是，无论是否需要检察长签字，不起诉决定本身都需要严格遵守法律规定，确保程序正当、证据确凿。同时，作出不起诉决定时，应当充分考虑案件的事实、证据以及法律适用等因素，确保公平公正地处理每一个案件。

综上所述，公诉科不起诉的案件是否需要检察长签字，主要取决于案件的重要程度、检察院的内部规定以及具体的操作流程。无论如何，最终目标都是为了保障司法公正，维护社会公平正义。